郑毓琳先生之所以门庭若市，艺惊幽燕，关键在于他将中国传统针刺手法与家传手法相融合，并结合内功而创立的独具特色和独到疗效的“郑氏针法”，其核心有六：其一，注重双手配合取穴针刺，先用左手拇指或食指揣穴、点穴，以催发经气，而后进针令气至病所，这是一些复式手法成功和有效的关键，更是无痛进针的玄机。其二，开始了中医“汗、吐、下、和、温、清、补、消”等八种治法的针法探究，使临证者有法可宗，也为后来郑魁山“针灸八法”理论的形成奠定了基础。其三，在配合内功的前提下，精简了一些操作方法，传统的“烧山火”手法简化为“热补法”，“透天凉”简化为“凉泻法”，这样不仅易于取得预期效果，更方便后学，另外还创造了“金钩钓鱼”、“金鸡啄米”、“老驴拉磨”等一系列针刺手法。其四，提倡取穴精而少，这和明代医家李梴的观点是不谋而合的，李氏称：“百病以一针为率，多则四针，满身针者可恶。”（《医学入门》）。其五，注重对“子午流注”与“灵龟八法”的研究和应用，毓琳公笃信它是治疗和攻克疑难重症的钥匙，是应对病因不明疾病的法宝，是祖国医学文化百花园中的奇葩，即使在“十年动乱”时，老人家依然坚持以“阴四针”、“阳四针”的称谓应用于患者，疗效惊人。时至今日，在中国对“子午流注”与“灵龟八法”两种绝学研究较透彻的以郑氏及单氏（单玉堂）两家为代表。其六，工于道家功夫、精通易学、重视望诊与脉诊“神”“巧”结合，这对疾病的诊治是大有裨益的。

郑毓琳先生对他接诊的患者心存仁爱之心，经常不收取贫苦人家的诊费，还免费安排食宿。这种作风深深地影响着他的后人和学生，其子郑魁山教授诚可谓针坛巨擘，名震中外，但他每次的诊治费用只是10元，一直坚持到2010年93岁高龄辞世。

郑毓琳先生也是严谨和严厉的，对待不遵医嘱的患者，他会厉言以对，甚至拒诊，即使是时任中央组织局局长的张文豹也不例外。1951年11月，张文豹左眼眼底出血导致失明，经同仁、北大、中苏友谊医院诊治无效，苏联专家建议到莫斯科置换义眼，经最高人民检察院院长高克林介绍求诊于郑毓琳先生。经诊查，断定系失血后未及恢复又受外伤以致眼底瘀血阻滞眼络而致。张文豹回忆乃1年前先为别人献血后又在机关篮球赛时击中左眼。治疗时，毓琳公发功后于风池等穴行“热补法”手法，嘱其回家后不管眼部多热也不准上眼药、饮冷水，必须保持针感热3天。张文豹返家后，眼部果然热极难耐，自作主张点了眼药水，第2天如实告知毓琳公后，毓琳公决然拒诊，后经高克林调解方才续治。半个月后，张文豹左眼视力进步，3个月后恢复正常。

而后，郑毓琳父子与北京协和医院合作，在运用中医辨证论治的基础上，运用“热补法”“凉泻法”“喜鹊登梅”“二龙戏珠”等绝技又治好了钟华等91例视网膜出血患者及24例视神经萎缩患者，有效率达90.2%。关于治疗眼疾的重要学术论文《针刺治疗41例视网膜出血的初步观察》、《针刺治疗91例视网膜出血的实验观察》、《针刺治疗24例视神经萎缩的初步观察》、《针刺治疗眼病的法则和穴位》、《针灸治疗青年复发性视网膜玻璃体出血122例总结报告》等，获卫生部1958年科技成果奖。协和医院罗忠贤教授说：“用针刺热补法，使患者眼内发热，通络化瘀生新，既安全又可靠又节省费用，比西医的发热疗法疗效高，应当肯定。”在西医手术尚无良策的20世纪50年代，郑毓琳先生运用针灸手法治疗重大眼疾的成就，直至今日仍是中华第一人。

他一贯主张医者要苦练针技，绝不允许拿患者的生命做实验。他指导学生练针时要求最多的是练指力，认为这是一种内功与针体的完美结合——“势若擒龙，力如伏虎”，意气相随，刚柔并济。其意在于以医者之真气补患家元气之不足或调整失调之气机以达平衡态。他还把自己几十年的临床经验毫无保留地传授给了学生们，例如他在教授“穿胛热”手法时，每天讲解演练竟达十余次，他还给每个学生扎一次，让大家真正体会这种热感传递中的奇妙。

郑毓琳先生除了上述重要学术论文外，还有《针灸治愈急性类中风的验案》、《针灸治愈畸形性脊椎炎一例验案》、《郑毓琳医案》《郑毓琳常用的八种针刺手法》、《针灸治疗颜面神经麻痹38例疗效报告》、《54例高血压临床辨证分型针刺疗效报告》、《针刺热凉补泻手法治疗胃脘痛50例报告》、《针刺治疗失眠30例》等。

在“十年动乱”中，中国近代针灸事业的一代宗师郑毓琳先生和其他学术权威的命运一样，被人揪上街头，头戴六顶大帽子进行批斗，还让他钻进中医研究院的锅炉里清理灰垢。先生却乐观地说：“当年太上老君把孙悟空装进炼丹炉，竟成火眼金睛，后终成佛。我也准备接受考验！”孰料，72岁老人难耐折磨，于1967年与世长辞。他的学术特点、医疗专长已被收入1987年天津科技出版社出版的《当代中国针灸临证精要》和1988年上海辞书出版社出版的《中医人物辞典》中，人民卫生出版社《针法大成》一书将其作为重要针家推出，称之为“新中国针灸事业的奠基者”，《中国中医研究院人物志》一书载有其传记。